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Instalación de Software

Antes de realizar cualquier instalación, verifique si el software ya se encuentra disponible como módulo ejecutando los comandos module avail o ml av, o consultando la lista de software disponible .

Requisitos para instalar software

  • En el caso de software licenciado, el usuario debe proporcionar al administrador la licencia correspondiente y/o el instalador para su instalación.

  • El usuario puede instalar software y librerías necesarias en su directorio personal (/home//) siempre que el software sea de código abierto o no requiera licencia.

  • La compilación de software debe realizarse en el nodo de acceso antes de enviar un job de ejecución. No envíe jobs de compilación a las colas del cluster.

  • Si el software que planea instalar tiene dependencias (librerías, interfaces o módulos), verifique primero si estas ya se encuentran disponibles en el cluster antes de instalarlas manualmente.

Para entrar en contacto con el equipo de soporte, por favor enviar un mensaje a soporte@raimondi.rubaldo.me.

Proceso de instalación

Como se mencionó anteriormente, es posible instalar software libre o que no requiera licencia en su espacio personal de trabajo. Antes de proceder, asegúrese de que el software no requiere permisos de administrador (root) para su instalación.

Una vez verificado esto, diríjase al directorio donde planea realizar la instalación y siga las instrucciones proporcionadas por el proveedor del software.

A continuación, se muestra un ejemplo de instalación de la librería Zlib, utilizada para compresión y descompresión de datos.

  • Creamos un directorio en el cual almacenaremos los códigos fuente y binarios de las apps que vamos a instalar. 
mkdir myApps
cd myApps
APPS_DIR=$(pwd)
mkdir sources      # source files
mkdir apps         # binary files
  • Entraremos al directorio sources/ y descargaremos el código fuente del paquete desde su sitio web.
cd $APPS_DIR/sources
wget  https://www.zlib.net/zlib-1.2.12.tar.xz
  • Descomprimimos el archivo descargado.
tar -xvf zlib-1.2.12.tar.xz
  • Entramos al nuevo directorio con los contenidos del paquete que acabamos de descomprimir.
cd zlib-1.2.12/
  • Cargamos el módulo del compilador para poder crear los binarios a partir del código fuente. En este caso cargaremos GCC 7.5.0, sin embargo es recomendable seguir los requisitos de cada software. 
ml gnu14/14.2.0
  • Por lo general, muchos código fuentes se compilan usando simplemente make y make install. Sin embargo, nosotros debemos configurar previamente el lugar donde se guardaran los binarios, ya que si no hacemos esto, se guardaran en los directorios /usr/lib a los cuales no tenemos acceso. Por lo general, bastará con configurar el argumento --prefix.
./configure --prefix=$APPS_DIR/apps/zlib

Para mayor información de como configurar el path de instalación, es recomendable seguir la documentación del software a instalar.

  • Compilamos el código fuente.
make
  • Instalamos el software.
make install    # copia los binarios a --prefix
  • Si nos movemos al directorio donde se encuentra la instalación, encontraremos por lo general una lista de directorios como la siguiente.
cd $APPS_DIR/apps/zlib
ls

# salida del comando anterior
include  lib  share
  • En esos directorios se encuentran los binarios con los cuales podremos hacer uso del software.